La situación: Al ejecutar el jnlp, se auto-creaba un icono en el escritorio.
Ahora: En actualizaciones se borra el icono y/o al descargarlo e instalarlo también.
Solución encontrada: Desinstalar la versión 7 de java. Volver a ejecutar el jnlp y comprobar que arranca con la versión 6 de java. Así, funciona.
Este error que no he conseguido solucionar por ahora y que al equipo de desarrollo nos está llevado más de un quebradero de cabeza, se ha tomado la postura cómoda de pensar que el error es de java 7. Posiblemente habrán cambiado alguna opción de configuración del jnlp o algo se está haciendo mal pero es muy extraño que el mismo jnlp, tras la actualización de java 7, no funcione correctamente.
No he encontrado ni en blogs, google, ni las páginas oficiales de Oracle una solución mejor.
Al menos es una solución… Se agradece cualquier comentario o ayuda!
Software y otras desvirtudes 
bueno yo tmabien tenia el mismo problema y por motivos de prueba quise arrancar argoUML que viene de la pagina http://argouml-downloads.tigris.org
y me dice el por motivos de seguridad no arraca.
bueno se me ocurrio poner la url que mencione antes en la lista de sitios (boton editar lista de sitios de panel de control java, pestaña seguridad) y listo se ejecutan sin ningun problema y estoy usando java 1.7u51.
Ojala les funcione.
Muchas gracias Jose Luis por tu aportación! Tengo que mirar lo de argoUML porque nunca lo he probado. Un saludo!