Cuando estamos desesperados, cuando sabemos que algo oscuro está haciendo MySQL, cuando sospechamos que hay algunas tablas bloqueadas o algún error de memoria en MySQL, en estos casos, aconsejo leer el log de MySQL.
Para ello hace falta ir al servidor donde tenemos instalado mysql.
Entrar en la misma consola de Mysql mediante:
mysql -p
Y activar el log.
set global general_log=ON
desc mysql.general_log;
Para desactivarlo hace falta poner
set global general_log=OFF
En mi caso me fue de gran utilidad!! suerte!!